Im ehemaligen Korn- und Rüsthaus befindet sich seit 1952 das Museum der Burg Querfurt. Es beherbergt verschiedene Ausstellungen. Die Dauerausstellung "Leben in Krieg und Frieden" ist hierbei der absolute Anziehungspunkt. Daneben finden die zahlreichen Besucher hier die aktuelle Sonderausstellung zur FilmBurg. In einem weiteren Raum finden wechselnde Sonderausstellungen statt. Vorträge, Konzerte und verschiedene kulturelle Veranstaltungen im Bildersaal komplettieren das Angebot. In den Kellergewölben des Museums finden Besucher während einer Führung das älteste profane Mauerwerk Sachsen-Anhalts. Die Bausubstanz stammt aus dem 10./11. Jahrhundert.

Die FilmBurg Querfurt präsentiert in einer Sonderausstellung "Sichtweise - Entdeckungsreise" Malerei und Druckgrafik von Bernhard Stoschek. Ölgemälde, Holzschnitte und Drucke des Künstlers aus Weißenschirmbach laden die Besucher ein auf eine Entdeckungsreise, fordern zum Erkunden und Hinterfragen auf. Stoschek verwendet ausser Leinwand Materialien wie Holz, Schiefer, verschiedene Metalle und Sand als Untergrund für seine Arbeiten. In den Vitrinen sind Farbholzschnitte mit mehreren Druckstöcken und ein Holzstich zu sehen. Weitere Informationen zum Künstler und seiner Arbeit sind unter atelier-refugium.de zu finden.

Die Dauerausstellung „Burg Querfurt - Leben in Krieg und Frieden“ gibt Einblicke in die Jahrhunderte alte Geschichte der Burg Querfurt mit all ihren Facetten. Seit April 2013 hat sie schon tausende Besucher angezogen. Die dreijährige Vorlauf- und Konzeptionszeit sieht man der Präsentation an. Erstmals wird nicht nur die Geschichte der Burg Querfurt ausreichend gewürdigt, sondern auch das Leben der Bewohner eindrucksvoll dargestellt. Dank zahlreicher Leihgaben – unter anderem des Landesamtes für Archäologie und Denkmalpflege Sachsen-Anhalt – und wissenschaftlicher Anleitung ist eine fundierte und kurzweilige Exposition entstanden, die sich nicht verstecken muss.

Seit 1990 findet sich im Museum Burg Querfurt eine Ausstellung zum Thema „Ur- und Frühgeschichte“. Hierbei können Besucher einen aussagekräftigen Fundus über die längst vergangene Zeit des regionalen Umfelds begutachten. Dazu gehören eine Zeitentabelle mit den verschiedenen Perioden, interessante Fundstücke wie Feuersteingeräte, Knochenwerkzeugen und Frauenfigürchen aus Elfenbein, Knochen oder Rengeweih. Die Überreste einer dicht südöstlich der Burg gefundenen „Ureinwohnerin“ sind ebenfalls Teil der Ausstellung.