Im ehemaligen Korn- und Rüsthaus befindet sich seit 1952 das Museum der Burg Querfurt. Es beherbergt Ausstellungen zum Thema Burgengeschichte, Querfurter Stadtgeschichte, Ur- und Frühgeschichte der Region sowie zu Leben und Werk der Querfurter Ehrenbürger, dem Dichter Johannes Schlaf und dem Afrikaforscher Hans Schomburgk. Wechselnde Sonderausstellungen, Vorträge sowie verschiedene kulturelle Veranstaltungen komplettieren das Museumsprogramm. Zurzeit wird das Museum inhaltlich neu konzipiert.

In den Kellergewölben des Museums finden Besucher das älteste profane Mauerwerk Sachsen-Anhalts. Die Bausubstanz stammt aus dem 10./11. Jahrhundert. Ein beeindruckender Ort, der bereits für diverse Filmproduktionen genutzt wurde (so z.B. als Kerker in dem Til Schweiger-Film  „1 ½ Ritter oder als Schatzkammer für den Märchenfilm „Jorinde und Joringel“).